Au printemps 2018, l’Organisation mondiale de la santé animale rapportait que quatre des cinq continents étaient touchés par la grippe aviaire chez les oiseaux domestiques. En 2015, uniquement en Amérique du Nord, près de 49 millions d’oiseaux sont morts ou ont dû être euthanasiés, ce qui avait coûté au-delà de 3 milliards de dollars. Un des problèmes tient au fait que les programmes actuels de surveillance ne détectent pas l’épidémie avant son éclosion. Mais il y a du changement dans l’air.

Jusqu’à maintenant, les tests sont effectués à partir de la capture aléatoire d’oiseaux sauvages. En plus d’être coûteuse et susceptible d’être perturbatrice pour l’écosystème, cette façon de faire ne permet d’obtenir qu’un faible taux de positivité. Aussi, le ministère de l’Agriculture de la Colombie-Britannique a élaboré avec des partenaires une étude pilote qui utilise une technique génomique appelée «reséquençage ciblé» sur des échantillons prélevés dans des zones humides où les oiseaux sauvages se rassemblent et peuvent éventuellement excréter le virus.

Grâce à cette méthode, les scientifiques ont pu obtenir un taux de détection du virus de 24%, comparé à un taux de moins de 1% avec la technique actuelle. Tout ne s’est pas fait sans d’énormes efforts.

S’il n’est pas trop difficile de prélever des échantillons de sédiments de terres humides, la dilution dans l’eau fait en sorte que la quantité de virus dans chaque échantillon est extrêmement faible. Il aura donc fallu développer une méthode moléculaire pour enrichir le matériel génomique viral. Grâce à l’expertise de la firme Fusion Genomics, les chercheurs sont parvenus à en extraire des millions de séquençages, ce qui leur a permis d’identifier la présence du virus en les comparants à une grande base de données informatisée.

Le coût de cette nouvelle approche est encore de 500 dollars canadiens par échantillon, mais on vise désormais non seulement à le réduire à une fourchette entre 50 et 100 dollars, mais à pouvoir le produire plus rapidement.